马来西亚与澳大利亚自2005年5月起启动双边自由贸易协议(FTA)谈判，历经7年及11回合密集谈判，于本(2012)年5月22日在马来西亚吉隆坡完成签署，并于明(2013)年1月1日起生效。
该协议为继马来西亚与日本(2007年)、巴基斯坦(2007年)、新西兰(2009年)、智利(2010年) 及印度(2011年)签署FTA后之第6个自由贸易协议。马、澳FTA(MAFTA) 将带动两国双边贸易与投资成长，并与2010年1月1日起生效之东盟─澳大利亚─新西兰(AANZFTA)起协同作用。
在MAFTA协议下，马来西亚将陆续减少或撤销已同意之工业与农产品之关税。大部分减少或撤销关税措施将自2013年1月1日起逐步落实，直到2019年完成为止。马来西亚出口商将从该协议中受惠，主因为澳大利亚将于2013年1月1日起100%撤销马来西亚进口产品之关税。这是马来西亚首个签署之FTA伙伴国给予100%货品优惠关税待遇。
依MAFTA协议，马来西亚企业获准进军澳大利亚医疗服务及其支持服务领域，澳大利亚亦将促进马来西亚参与传统及辅助药品服务(马来土著按摩、顺势疗法、Ayurveda及传统中药)。澳大利亚亦准许马来西亚独立经营诸如法律、会计、税务、建筑、工程、城市规划、景观建筑、牙科、兽医及管理咨询服务。
马来西亚承诺提高澳大利亚企业参与教育、通讯及金融服务，以促进双边服务业贸易及专才流通。
该协议同时将促进马、澳二国在汽车、旅游、农业、电子商务及清洁煤等技术计划之经济合作案。
去(2011)年马来西亚与澳大利亚双边贸易额达125.8亿美元，较2010年成长11.1%;其中马国对澳大利亚之出口额为84亿美元，进口额则为41.9亿美元。
马来西亚贸工部敦促该国企业应把握该协定创造之商机，以扩大对澳大利亚之出口及市场占率。
马来西亚钢铁产品、塑料制品、成衣服饰、木制家具、棕油及棕油制品、可可及可可制品、食品及汽车，皆具对澳大利亚出口潜力。
