印尼海关报关系统近来频繁出现故障，海关系统出现故障除影响关务作业，亦对进出口货物流通造成不小的影响，此情形不但给业界造成损失及困扰，亦让国际贸易伙伴丧失信心。
据Kompas报记者观察，近年来几乎每两个月即有海关系统故障情事发生，迄今未见好转，印尼财政部组织及资讯处幕僚Susiwijono Moegiarso向记者表示，本(2016)年5月下旬系统故障乃因印尼电力公司供电系统断电所致，虽然海关资讯中心已配有不断电装置，唯系统受损在所难免。
系统故障造成进出口报关时程延后，印尼物流及报关行公会理事长Yukki Nugrahawan表示，政府刻正提高报关效率，海关系统故障让原本耗时且效率低落的报关程序雪上加霜，让印尼报关业务更无效率可言。
印尼进口公会理事长Erwin Taufan表示，回教斋戒月将至，货物流通需求大增，进出口活动势较平日更为繁忙，系统将处理的数据亦随之爆增，另再爆系统故障情事，物流不能如期疏通，造成货物滞留港口时间过长，将使开斋节所需之民生物品等供不应求，进而对必需品价格造成影响，此实为业者所不乐见。
据悉，目前尚有1万至1万2,000个货柜滞留雅加达Tg. Priok港口，进口公会对因电力公司跳电造成系统故障当机之说法不以为然，质疑系统乃海关伺服器太老旧所致，并唿吁财政部或可考虑让更专业的团体或机构专职处理进出口许可核发事宜。
