为进一步优化营商环境，促进贸易便利化，自6月1日起，海关总署全面取消《入/出境货物通关单》。通关单是原出入境检验检疫机构对法定检验检疫商品签发的已办理报验手续证明文书，是原出入境检验检疫机构用于与海关工作联系的业务单证，主要目的用于防范和打击逃漏检行为。关检融合后，出入境检验检疫职责纳入海关现有通关流程，通关单已失去了原有的职能和意义。
过去，若企业进口一批货物，且货物商品在国家法定检验检疫目录中(非目录商品可不用检验检疫)，企业需分别向海关和检验检疫局申报进口，进口货物通过了检验检疫局查验后，检验检疫局会签发“出入境货物通关单”，海关凭“出入境货物通关单”，对企业进口货物进行审单、征税、放行。取消“出入境货物通关单”后，企业只需在海关申报进口，商品检验检疫工作走海关内部程序，至少可以节省1天通关时间。
取消通关单既可在关检业务全面融合方面发挥立竿见影的示范作用，也可简化企业申报、减少通关环节、加速货物放行，为守法企业提供通关便利、降低通关成本，切切实实提升企业获得感，预计将有超过10%的进出口货物报关单从中获益。
同时，《中华人民共和国进出口商品检验法》作出修改，删除“海关凭商检机构签发的货物通关证明验放”，为通关单的取消确立了法律依据。
