日本和澳大利亚上月宣布厄尔尼诺已经出现。当月，澳大利亚国家气象局检测的海洋表面温度指数出现了与1997-98年强烈厄尔尼诺现象时同样的走势，这意味着太平洋地区的厄尔尼诺现象正持续加强，并且可能出现有记录以来最强的厄尔尼诺。
厄尔尼诺来袭时，东南信风减弱，东太平洋冷水上翻现象消失，表层暖水向东回流，导致赤道东太平洋海面上升，海面水温升高，秘鲁、厄瓜多尔沿岸由冷洋流转变为暖洋流。
由于海水温度的变化，导致空气对流发生转变，带来亚洲东岸干旱、美洲西岸潮湿的气候。
亚洲和美洲作为大豆、玉米、甘蔗、天然橡胶和棉花的主产区，自然深受厄尔尼诺影响。中银国际表示，厄尔尼诺一旦发生，首先体现在市场对农产品产量下滑的担忧，从而带来价格上涨的预期，增强对农业板块投资的信心。
海通证券在报告中总结道，厄尔尼诺总能带动农作物价格上涨，但对于产量的影响悲喜交加，小麦通常大幅减产，大豆往往大幅增产， 大米和玉米产量波动比较温和。
芝加哥商业交易所（CME）旗下芝加哥期货交易所（CBOT）的小麦期货投资者很快对厄尔尼诺即将来临的警告予以了严肃的回应。如下图所示，5月14日，该作为全球行业基准已经超过135年的小麦期货大幅跳涨：
那么棉花呢？两家券商的研报显示，考虑到库存因素，本次厄尔尼诺对棉花的影响相对复杂。
棉花产区主要集中在中国、美国、印度、巴基斯坦等国，其中又以中印最多，两者总共占比高达约 50%。
中银国际整理的数据显示， 2013 年全球 2,573万吨棉花产量中，中国产量为 670 万吨，占到 26.0%；印度产量为 634 万吨，占 24.6%；美国产量为 287 万吨，占 11.2%；巴基斯坦产量为 207 万吨，占 8.1%，前四个国家的总产量占比达到 70.0%。
棉花喜温怕寒，其生长发育最适宜的温度范围为 20～30℃。为了达到早发、稳长、高产的目的，棉花苗期要求气温稳定。因此，带来非旱即涝的厄尔尼诺以及伴随发生的拉尼娜会使得棉花的产量大幅下滑，进而影响棉花价格。
据海通证券，2000 年至今棉花价格有两次大幅攀升，均出现在厄尔尼诺出现的年份：一次发生在 2002 年，同比上涨38%；另一次发生在2009 年，同比上涨 36%，而且延续到 2010 年同比上涨85%。
CME的棉花期货投资者更是将2009-2010年那次厄尔尼诺效应发挥到了极致。如图所示，CME 2号棉花期货从2009年3月的低点到2011年3月的最高点，累计涨幅高达5.34倍。
海通证券表示，厄尔尼诺对棉花价格影响显著，由于拉尼娜往往伴随厄尔尼诺发生，警惕有可能延长的价格波动时间。
当然，棉花价格的影响因素众多，既受到供求影响，也受农业政策、纺织、外贸政策等影响。
中银国际进一步分解了厄尔尼诺对中印棉花产量的影响后发现：
印度：在厄尔尼诺时期，印度 6-9 月常会出现严重干旱，但此时干旱对棉花生产影响不大。历史来看，厄尔尼诺出现的时间段，印度棉花增产和减产的几率几乎是一致的，产量变化最大的年份是 1953/1954 年的增产 15%和 1986/1987年的减产 13%，次之就是 1997 年的减产 11.4%，而其余年份产量变化幅度并不明显，说明总体来讲厄尔尼诺对印度棉花生产的影响较小。中国：厄尔尼诺时期，我国北方广大地区常会有不同程度的干旱，而高温干旱常导致棉铃虫等病害爆发，会略微影响棉花产量的增长。但从总体来看，厄尔尼诺天气对我国棉花生产的影响作用微乎其微
，无论是 1994/95 年还是1997/1998 年，我国棉花无论是从产量还是单产角度都是增加的。
加之当前棉花库存积压：
2012/13 年度，usda 统计中国棉花产销情况，国内棉花总产量 685.8 万吨，年比下降 6%，进口量 239.5 万吨，年比下降 55%，同时国内消费量 772.9 万吨，年比下降 18.6%，同期期末库存 818.88 万吨，年比增加 138.7%，库存消费比105.94%。
2012/13 年度全球棉花产量 2,543.7 万吨，全球棉花消费量 2,315.1 万吨，同期期末库存 1,747.7 万吨，较上一年增长 18%，期末库存消费比 75.49%。除中国大陆外，全球棉花总产量 1,857.9 万吨，全球棉花总消费量 1,542.9 万吨，消费量比上一年度减少 11 万吨，期末库存 939.7 万吨，期末库存消费比 60.9%。
因此，中银国际的看法是，除非发生强厄尔尼诺天气，否则天气因素造成棉花价格（期货）上涨更多是短暂的预期行为，对整体的供需环境影响几乎没有。在棉花库存消费比超过 100%的情况下，棉花价格上涨的基础还很薄弱。
从CME棉花期货走势上看，市场确实出现了分歧。日本和澳大利亚最初宣布（5月12日）厄尔尼诺来临时，棉花期货出现过一波较大的上涨，但随后几日便回落，市场陷入震荡：
