经过多年的发展，新疆棉花产业总体呈现出喜人且骄人的成效，总产、单产、调出量、农民贡献率等指标从1993年开始连续19年全国第一。然而，目前新疆棉花产业存在的问题及隐忧必须引起重视。
一是加工能力过剩，竞争无序。截至2012年底，新疆已取得棉花加工质量保证能力证书的棉花加工企业共有864家、1161条生产线，加工能力超过600万吨。按照国家棉花质量检验体制改革的要求，仅需500多家，加工能力严重过剩，导致重复建设、浪费资源，企业吃不饱、恶性竞争、忽视棉花质量，特别是近年来混等混级收购加工棉花较普遍，棉花中混入异性纤维的现象有所抬头。
二是成本高，国内外棉花巨大差价将会影响新疆棉花产业的发展。国外棉花享受本国高补贴政策，棉花一直处于竞争优势。国棉价格补贴机制尚未健全成熟，棉花种植成本高，国棉与进口棉差价大，无奈只能靠国家买单，此问题必须认真解决，否则将影响棉花产业发展大局。
三是新疆棉花经营长期处于低层次非高效的阶段。新疆棉花市场销售结构较差，销售方式长期以一卖一买的现货交易为主，由于棉花企业基本依靠农发行贷款，政策规定不得进入期货市场，导致新疆进入期货撮合市场经营比例太低，产销经营效益不高。
四是产业链下游对新疆棉需求弱化，本地棉纺业对棉花的需要减弱。内地纺织企业大量使用低价进口棉，对新疆棉使用量进一步降低。很多新建或迁移来疆的纺织企业大部分竞争力不强，使用新疆棉的厂家不多，致使新疆棉本地销售弱化。
五是农民靠棉花取得的收入远小于其他产业收入。新疆一些地区的农民种植林果或饲养家畜等收入翻番，棉花种植成本较高，尤其是2002年种植长绒棉的棉农，几乎无一幸免棉价下跌造成的损失，收益低，对棉农伤害很大。
六是棉花仓储设施、设备亟待改造和建设。新疆总体上已有的棉花仓储设施已具规模，库区、库房、铁路专线基本满足需要。但随着我区棉花产业的发展，现有的棉花中转储备库不少由于建库时间久远，仓储设施、设备老化现象严重，机械化、电子化水平低，尤其是近3年我区承担代储任务后，仓容和中转储备能力不足的矛盾更加突出，需进一步加大改造升级力度。
七是铁路运输继续成为制约新疆棉花经营的瓶颈。铁路发运困难多年来一直是影响新疆棉花销售的制约因素，由于兰新铁路双复线及电气化改造，进出新疆商品物资运量严重失衡等原因，新疆棉花外运持续紧张，部分内地企业购买新疆棉2～4个月仍难运出，占压棉花购销资金，影响新疆棉外销及声誉。
八是棉花补贴政策力度不大。当前国家对棉花的补贴政策有良种补贴、运费补贴、临时收储政策，对棉农、流通企业及其他直补政策尚未出台，更没形成长效机制。
