6月和7月我国棉花进入花期或花铃期，这一时期是棉花关键生长期，最容易遭受棉铃虫等害虫的危害及各种病菌的侵染，造成落花落铃，这时期棉花生长受环境气候的影响较大，对水肥的需求较为敏感，是肥水需求最多的时期。
6月份瓢泼大雨肆虐在我国多个产区，但是新疆似乎被雨水遗忘了。上旬，全疆气温偏高，日照充足，大部产区雨水略显不足。受伊朗副高东移的影响，中旬起多个棉花种植区出现长时间的高温天气(其中阿克苏地区部分产区最高气温飙升至37℃)。降水方面，下旬，北疆降雨持续偏多，土壤含水量大。整体来看，本月全疆降雨分布不均，气温偏高，病虫害高发，影响农作物生长发育。令人绝望的是，6月下旬，北疆博乐主产棉区遭遇冰雹、暴雨等强对流天气，部分受灾严重区域面临绝收。天气对农作物长势造成的伤害尚未完全显现，大部产区作物长势与去年同期持平。
7月上旬和中旬，偶有降雨发生，但是气象条件整体对棉花生长有利。下旬，新疆遭遇历史同期罕见高温天气，部分产区高温突破40℃，南疆棉株上部花铃脱落，高温天气威胁棉花长势，单产潜力下滑。相对而言，北疆棉农水分补充及时，花铃脱落程度较轻，但还是会影响棉花产量。降水方面，月内，全疆偶有强降水发生，所幸持续时间偏短，对农作物长势造成的负面影响有限。
高温天气一直持续至8月上旬，中旬全疆大部气温略降，雨量增多，农作物生长环境改善。9月以来，新疆北疆地区气温较前期上升，有利于棉花正常开裂吐絮，生长情况较前期预计较好；南疆大部地区出现明显降水过程，土壤摘情得到改善，前期因受高温少雨影响长势较差棉花恢复正常或转为较好。
2016年棉花生育期内整体热量条件南疆西部棉区好于常年差于去年，全疆其余大部棉区好于常年和去年(喀什农作物长势较去年同期偏差)，但热量分布不均，北疆棉花苗期和南疆棉花花铃后期及裂铃吐絮期的持续阴雨天气对棉花生长和品质造成较大影响。
