在直补价格方面，可在每年棉花播种前，由发改委或农业部根据当年的棉花种植成本和粮棉比价，测算出并公布本年度籽棉收购保护价。例如：设定保护价为9元/公斤，收购结束，根据国家棉花价格监测系统对主产区的监测结果，计算出市场实际收购平均价和平均单产，如平均价高于保护价，则不需要补贴，如平均价低于保护价，则实际收购价与保护价之间的差额由国家财政或棉花发展基金补贴，如实际收购平均价为8.4元/公斤，平均单产300公斤，则每亩补贴＝（9－8.4）×300＝180元。
直补方案的实施，仅制定价格是远远不够的，还应做好相应措施。
建立农田种植信息库。国土部门建有完整的农户农田土地档案，农业部门只要联合地方政府，在国土档案的基础上，增加种植信息即可。这样一来，不仅可以为实施补贴提供数据支持，同时可实时掌握全国农业生产品种数据，及时有效指导农业生产品种结构调整。
信息上报录入。种植信息应由农户自报，村组长核实，村部汇总录入。现在一般棉产区的村部都已通了网络，种植信息可由村级组织录入，少数村部没有通网络的可由镇级政府组织录入，工作量并不大。面积数据在播种后、收获前录入即可。对棉花来讲应在每年6月底前录入，对某一个具体的农户来讲总的种植面积是相对固定的，不同的品种在固定的面积中分配。此时农作物均未收获，只知道补贴价，不知市场价，人为作假数据的可能性相对较小。
信息发布。每年种植数据录入结束后，可进行抽查核对，核对结束后定期向社会公布，每户信息可在指定网站查询，除特大自然灾害影响造成绝收，一般不能调整。
信息核对。每年种植数据录入结束后，可由统计部门的城乡调查队进行随机抽查，发现问题及时纠正，对人为作假或渎职行为进行处罚。
税务系统验证。在棉花收购过程中，在地税系统中也有一套完整的收购原始数据。在收储政策中，要求交储企业向中储棉公司提供其向棉农开具的籽棉收购结算凭证，籽棉收购凭证是由地方税务部门统一印制的地税发票，由具有收购资质的企业向棉农开出的收购凭证，具有税收抵扣功能，大部分地区已实现联网开具打印，实时联网统计，收购凭证上标有棉农所在的乡镇、村组、姓名、身份证号、电话号码、出售籽棉的数量、等级、单价、总价、出售日期、购棉单位等详细信息，只要再加上土地证号稍加完善就能直接应用，也可作为互相验证的工具，同时也能堵住目前普遍存在的农产品收购凭证多开、虚开的偷税、漏税问题。
补贴的发放。现在全国绝大多数地区农民的粮食、农资、粮种、特种养殖补贴、基础养老保险等发放都实行了一卡通，具体负责的农业部门提前通告发放时间、补贴方法、补贴标准。根据种植数据、补贴标准计算出每户的补贴金额，向委托银行提供发放清单即可。具体实施由委托银行直接打卡发放。这样可有效防止地方各级政府部门截留、挪用、虚报、冒领现象。
面对全国1000多万户棉农，补贴如何准确发放是个面广量大的工程，如何准确统计计算补贴金额，如何防止截留、弄虚作假、虚报冒领，一要靠科技手段，二要靠公开监督，三要靠严惩重罚。棉花直补系统建立实施后，不仅可实施对棉花补贴发放，而且在此基础上可建立覆盖全国的所有农业、林业、牧业、养殖业的数据库，为国家宏观调控、农业结构调整优化、政资金的高效安全使用、农产品的质量安全追溯等都将发挥巨大的作用。
